ولَم تحدد الإستخبارات الأمريكية موقعه طيلة تلك السنوات الثلاث، حتى تكشفت معلومات عن وجوده في الدوحة موظفآ في وزارة المياه القطرية ، ويحظى بإهتمام من مجلس الوزراء القطري وأبناء الأسرة الحاكمة .
يقول "ريتشارد كلاريك" المنسق الأمني للأمن ومكافحة الإرهاب في إدارة في إدارتي بيل كلنتون وبوش الأب أنه بعد تحديد موقعه في قطر أصبحنا لانثق بحكومة تلك الدولة ، وأنها ملاذآ للإرهاب .
وأضاف ، قررت الإدارة الأمريكية القبض على خالد شيخ على ألا تنتهك سيادة الحكومة القطرية وتطرق الأبواب ، وتوجه السفير الأمريكي في الدوحة لملاقاة الأمير آنذاك حمد آل ثاني ليطلب منه تسليم الإرهابي إلا أنه بعد ساعات إختفى "خالد" عن الأنظار وقالت الحكومة القطرية أنه اختفى فجأة .؟! وهو في الحقيقة تم تهريبه لمزرعة يملكها شخص من عائلة "آل ثاني"، وكان بمنصب رسمي.
وهكذا رحل خالد شيخ من قطر ليكمل مشروعه الإرهابي وساهم في إزهاق أكثر من ٤٠٠٠ نفسآ من بينهم ضحايا ١١ سبتمبر ، حتى ظهر في لقاء تلفزيوني على قناة الجزيرة من كراتشي الباكستانية ، وتم القبض عليه بعد ذلك وإيداعه في سجون "غوانتناموا" .
ولم تتوقف عجلة دعم قطر للإرهاب؛ فقد توجَّهت لصناعة ودعم آخرين ماديًّا، واحتضانهم على أرضها، وضللت الرأي العالمي بتوقيعها مذكرات تفاهم مع الولايات المتحدة الأمريكية في مكافحة الإرهاب، مقدمة نفسها في مشهد متناقض.
